Las causas reales del estrabismo infantil son desconocidas. Sin embargo, se le asocia a antecedentes familiares de la enfermedad, a periodos de hipoxia durante el parto o en edades tempranas.
Una causa del estrabismo infantil puede residir en el funcionamiento deficiente del músculo ocular, en una incapacidad cerebral para fusionar la imagen de ambos ojos o en errores refractivos que no permiten una buena visión y desvían los ojos.
El estrabismo infantil puede ser causado también por factores secundarios como golpes, diabetes, accidentes vasculares, tumores cerebrales, hipertensión arterial, enfermedades musculares o degenerativas, neurológicas, entre otras.
Una enfermedad infecciosa también puede provocar el estrabismo. Las parasitarias pueden provocar problemas a nivel ocular. Estos parásitos pueden ser adquiridos en el primer trimestre del embarazo, a través del consumo de carne no muy bien cocida ni supervisada, o durante la convivencia muy cercana con gatos y perros, y llegar a dañar el sistema nervioso central.