El tratamiento del glaucoma congénito tiene como fin reducir la presión intraocular. En el caso del glaucoma congénito, la cirugía es el único tratamiento recomendado.
Existen dos tipos de cirugías específicas para el glaucoma congénito: La goniotomía y la trabeculectomía.
La elección de la cirugía dependerá de las preferencias del cirujano y de la transparencia corneal, ya que por ejemplo, para realizar una goniotomía es necesario que la córnea permita al cirujano ver el interior del ojo. En el caso de la goniotomía se pueden realizar hasta tres cirugías.
En el caso de que la goniotomía fracase, se puede realizar la trabeculectomía o los implantes valvulares.
Existen además fármacos que no pueden utilizarse en niños por sus efectos secundarios, sólo deben utilizarse como tratamiento previo a la cirugía o en el caso de niños operados en varias ocasiones para demorar nuevas cirugías.
Los niños con glaucoma congénito deben ser controlados indefinidamente, al principio varias veces al año y luego una vez al año por lo menos durante toda su vida